1999年7月,由遗传发育所牵头,我国参与了国际人类基因组计划,成为继美国、英国、法国、德国、日本之后的第6个参与国,也是唯一的发展中国家。2000年4月,我国提前完成了国际人类基因组计划1%基因组序列工作框架图,测定了第3号染色体短臂上3000万个碱基序列,绘制了达到99.99%覆盖率的完成图,为我国生物资源基因组研究及参与国际生物产业竞争奠定了基础。
2000年,遗传发育所合作参加中国超级杂交水稻基因组计划。2001年10月,率先完成水稻(籼稻)基因工作框架图的绘制,并免费公布数据库。2002年12月,完成全球第一张农作物的全基因组精细图——籼稻基因组序列精细图的绘制,并研制成功世界第一个覆盖水稻全基因组的基因芯片,为保持我国在杂交水稻育种领域的国际领先地位奠定了基础。获2003年度澳门赌场杰出科技成就奖。
2014年,动物所成功破译了飞蝗的全基因组序列图谱,这是迄今人类破译的最大动物基因组,揭示了飞蝗聚群行为调控以及表型可塑性遗传、表观遗传调控机制;同时围绕种群暴发成灾机制等难题,取得系列突破性进展。获2017年度澳门赌场杰出科技成就奖。
2001年2月《自然》发表人类基因组计划框架图研究论文
2002年12月《自然》发表籼稻基因组序列精细图研究论文
飞蝗的全基因组序列图谱